В предфильте СОРМ разбор туннелей включается автоматически по наличию параметра tap_dev. В остальных случаях потребуется в явном виде активировать разбор настроечным параметром в файле /etc/dpi/fastdpi.conf
check_tunnels=1
включает разбор туннелей PPPoE/PPTP/L2TP/GRE/IPIP